Историското одделение при општинската установа Музеј на град Неготино – Неготино е оформено уште со основањето на установата во 1978 година, и ги следи настаните поврзани за историјата на градот, потпирајќи се на историските податоци за општина Неготино низ вековите , постепено се зголемува со бројот на историскиот материјал собиран по пат на подарување, откуп и теренски истражувања. Првата музејска поставка поставена во музејот е историската со која што се поставени темелите на институционализираната музејска дејност во Неготино и неготинско. Историското одделение го претставува и проучува периодот од формирањето и основањето на градот Неготино почнувајќи од 1800 година, периодот за време на Илинденското востание, Балканската војна, Прва и Втора светска војна.
Стручната и научно-истражувачката работа во историското одделние е поставена врз основа на следниве начела: прибавување, истражување, средување, стручно и научно обработување историски музејски материјал и музејски предмети; евидентирање музејски материјал и музејски предмети во музејските книги и нивно чување и заштита; објавување и презентирање музејски материјал и музејски предмети преку организирање постојани и повремени изложби, предавања, семинари, прикажување филмови и други форми на дејствување; научно-истражувачката дејност се реализира преку истражувачки проекти, со организирање научни собири и научни конференции, предавања, промоции на книги, издавачка дејност и сл.
Целиот период е претставен преку фотографии, текстови, мапи, оружје.
